Ну Вы же уже ранее загружали отчет, отправили работодателю выписку о том что отчет СОУТ загружен в Базу, и уже выплаты начислены и выплачивают, от того что отчет пропал из системы не наша проблема и выплаты не перестанут из-за этого выплачивать. Есть пункт, что ранее отчет был загружен и ставится дата когда он загружен. Мы ведем журнал где записываем дату утверждения отчета и дату отправки в систему.
В приказе 843н есть такой пункт:
6.1. Организация, проводящая специальную оценку условий труда, в течение 30 календарных дней после передачи в информационную систему учета сведений о результатах проведения специальной оценки условий труда вправе внести изменения в переданные сведения.
После истечения указанного срока при возникновении необходимости внесения изменений в сведения о результатах проведения специальной оценки условий труда, переданные в установленном порядке в информационную систему учета, организация, проводящая специальную оценку условий труда, вправе обратиться к Оператору с заявлением, содержащим сведения об отчете о проведении специальной оценки условий труда, а также причины, по которым возникла необходимость осуществления указанных действий.
Оператор в течение 30 календарных дней обеспечивает рассмотрение поступившего заявления, уведомляет организацию, проводящую специальную оценку условий труда, о результатах рассмотрения заявления, и, в случае наличия в сведениях о результатах проведения специальной оценки условий труда, переданных в информационную систему учета, технических ошибок, предоставляет организации, проводящей специальную оценку условий труда, возможность внесения соответствующих изменений в указанные сведения.
Вот по этому пункту и надо действовать.