А с чего это вам штраф должен прилететь? Срок привлечения к административной ответственности за недлящееся правонарушение по статье 5.27.1 (если вы работодатель) за нарушение установленного порядка проведения СОУТ, согласно части 1 статьи 4.5 КоАП РФ, составляет 1 год. И я так понимаю, что у вас он уже прошёл. Так что хотите - подавайте сейчас (а если ГИТ попытается нагнуть, вежливо ответьте им, что - хорошая попытка, конечно, но - нет, извините, ибо - срок привлечения истёк давно).
А хотите - проводите внеплановую СОУТ. Напомню, что работодатель, в силу нормы пункта 2 части 1 статьи 4 закона №426-ФЗ, может проводить внеплановую СОУТ в любое время, когда захочет, и на любое количество рабочих мест любой же номенклатуры. Хоть по одному РМ, хоть по всем зараз. Причём - не дожидаясь наступления случаев, перечисленных в статье 17 закона №426-ФЗ (когда он обязан проводить внеплановую СОУТ).
Только обратите внимание - поскольку ни в законе, ни в Методике не указано, как же именно проводить эту внеплановую СОУТ, то, в силу принципа "аналогии закона", внеплановая СОУТ проводится точно так же, как и "плановая". То есть - создаётся комиссия (если она у вас не постоянно действующая), создаётся перечень рабочих мест на внеплановую СОУТ, ищется экспертная организация, заключается договор etc.